Classes

Bio
Bio::AAindex
Bio::AAindex1
Bio::AAindex2
Bio::Alignment
Bio::Alignment::ArrayExtension
Bio::Alignment::EnumerableExtension
Bio::Alignment::FactoryTemplate
Bio::Alignment::FactoryTemplate::FileInFileOut
Bio::Alignment::FactoryTemplate::FileInFileOutWithTree
Bio::Alignment::FactoryTemplate::FileInStdoutOut
Bio::Alignment::FactoryTemplate::Simple
Bio::Alignment::FactoryTemplate::StdinInFileOut
Bio::Alignment::FactoryTemplate::WrapInputStdin
Bio::Alignment::FactoryTemplate::WrapInputTempfile
Bio::Alignment::FactoryTemplate::WrapOutputStdout
Bio::Alignment::FactoryTemplate::WrapOutputTempfile
Bio::Alignment::GAP
Bio::Alignment::HashExtension
Bio::Alignment::MultiFastaFormat
Bio::Alignment::OriginalAlignment
Bio::Alignment::OriginalPrivate
Bio::Alignment::Output
Bio::Alignment::PropertyMethods
Bio::Alignment::SequenceArray
Bio::Alignment::SequenceHash
Bio::Alignment::Site
Bio::Alignment::SiteMethods
Bio::AminoAcid
Bio::AminoAcid::Data
Bio::Blast
Bio::Blast::Bl2seq
Bio::Blast::Bl2seq::Report
Bio::Blast::Bl2seq::Report::HSP
Bio::Blast::Bl2seq::Report::Hit
Bio::Blast::Bl2seq::Report::Iteration
Bio::Blast::Default::Report
Bio::Blast::Default::Report::HSP
Bio::Blast::Default::Report::Hit
Bio::Blast::Default::Report::Iteration
Bio::Blast::Default::Report_TBlast
Bio::Blast::Fastacmd
Bio::Blast::NCBIOptions
Bio::Blast::RPSBlast
Bio::Blast::RPSBlast::RPSBlastSplitter
Bio::Blast::RPSBlast::Report
Bio::Blast::RPSBlast::Report::Iteration
Bio::Blast::Remote
Bio::Blast::Remote::DDBJ
Bio::Blast::Remote::DDBJ::Information
Bio::Blast::Remote::GenomeNet
Bio::Blast::Remote::GenomeNet::Information
Bio::Blast::Remote::Information
Bio::Blast::Report
Bio::Blast::Report::BlastXmlSplitter
Bio::Blast::Report::Hit
Bio::Blast::Report::Hsp
Bio::Blast::Report::Iteration
Bio::Blast::Report_tab
Bio::Blast::WU::Report
Bio::Blast::WU::Report::HSP
Bio::Blast::WU::Report::Hit
Bio::Blast::WU::Report::Iteration
Bio::Blast::WU::Report_TBlast
Bio::Blat
Bio::Blat::Report
Bio::Blat::Report::Hit
Bio::Blat::Report::SegmentPair
Bio::Blat::Report::SeqDesc
Bio::ClustalW
Bio::ClustalW::Report
Bio::CodonTable
Bio::ColorScheme
Bio::Command
Bio::ContingencyTable
Bio::DAS
Bio::DAS::DNA
Bio::DAS::DSN
Bio::DAS::ENTRY_POINT
Bio::DAS::FEATURE
Bio::DAS::GFF
Bio::DAS::GROUP
Bio::DAS::LINK
Bio::DAS::SEGMENT
Bio::DAS::SEQUENCE
Bio::DAS::TARGET
Bio::DAS::TYPE
Bio::DAS::TYPES
Bio::DB
Bio::DBGET
Bio::DDBJ
Bio::DDBJ::XML
Bio::DDBJ::XML::Blast
Bio::DDBJ::XML::ClustalW
Bio::DDBJ::XML::DDBJ
Bio::DDBJ::XML::Fasta
Bio::DDBJ::XML::GetEntry
Bio::DDBJ::XML::Gib
Bio::DDBJ::XML::Gtop
Bio::DDBJ::XML::PML
Bio::DDBJ::XML::RequestManager
Bio::DDBJ::XML::RequestManager::REST
Bio::DDBJ::XML::SRS
Bio::DDBJ::XML::TxSearch
Bio::EBI
Bio::EBI::SOAP
Bio::EBI::SOAP::Citation
Bio::EBI::SOAP::ClustalW
Bio::EBI::SOAP::Dbfetch
Bio::EBI::SOAP::Emboss
Bio::EBI::SOAP::Fasta
Bio::EBI::SOAP::InterProScan
Bio::EBI::SOAP::MPsrch
Bio::EBI::SOAP::MSD
Bio::EBI::SOAP::Muscle
Bio::EBI::SOAP::Ontology
Bio::EBI::SOAP::ScanPS
Bio::EBI::SOAP::TCoffee
Bio::EBI::SOAP::WUBlast
Bio::EMBL
Bio::EMBLDB
Bio::EMBLDB::Common
Bio::EMBOSS
Bio::Ensembl
Bio::Ensembl::Base
Bio::Ensembl::Human
Bio::Ensembl::Mouse
Bio::FANTOM
Bio::FANTOM::MaXML
Bio::FANTOM::MaXML::Annotation
Bio::FANTOM::MaXML::Annotation::DataSrc
Bio::FANTOM::MaXML::Annotations
Bio::FANTOM::MaXML::Cluster
Bio::FANTOM::MaXML::Sequence
Bio::FANTOM::MaXML::Sequences
Bio::Fasta
Bio::Fasta::Report
Bio::Fasta::Report::Hit
Bio::Fasta::Report::Hit::Query
Bio::Fasta::Report::Hit::Target
Bio::Fasta::Report::Program
Bio::FastaDefline
Bio::FastaFormat
Bio::FastaNumericFormat
Bio::Feature
Bio::Feature::Qualifier
Bio::Features
Bio::Fetch
Bio::FlatFile
Bio::FlatFile::AutoDetect
Bio::FlatFile::AutoDetect::RuleDebug
Bio::FlatFile::AutoDetect::RuleProc
Bio::FlatFile::AutoDetect::RuleRegexp
Bio::FlatFile::AutoDetect::RuleRegexp2
Bio::FlatFile::AutoDetect::RuleSpecial
Bio::FlatFile::AutoDetect::RuleTemplate
Bio::FlatFile::AutoDetect::RulesArray
Bio::FlatFile::BufferedInputStream
Bio::FlatFile::Splitter
Bio::FlatFile::Splitter::Default
Bio::FlatFile::Splitter::LineOriented
Bio::FlatFile::Splitter::Template
Bio::FlatFile::UnknownDataFormatError
Bio::FlatFileIndex
Bio::FlatFileIndex::BDB_1
Bio::FlatFileIndex::BDB_1::BDBMappingFile
Bio::FlatFileIndex::BDB_1::PrimaryNameSpace
Bio::FlatFileIndex::BDB_1::SecondaryNameSpace
Bio::FlatFileIndex::BDBdefault
Bio::FlatFileIndex::BDBwrapper
Bio::FlatFileIndex::DEBUG
Bio::FlatFileIndex::DataBank
Bio::FlatFileIndex::FileID
Bio::FlatFileIndex::FileIDs
Bio::FlatFileIndex::Flat_1
Bio::FlatFileIndex::Flat_1::FlatMappingFile
Bio::FlatFileIndex::Flat_1::PrimaryNameSpace
Bio::FlatFileIndex::Flat_1::Record
Bio::FlatFileIndex::Flat_1::SecondaryNameSpace
Bio::FlatFileIndex::Indexer
Bio::FlatFileIndex::Indexer::NameSpace
Bio::FlatFileIndex::Indexer::NameSpaces
Bio::FlatFileIndex::Indexer::Parser
Bio::FlatFileIndex::Indexer::Parser::BlastDefaultParser
Bio::FlatFileIndex::Indexer::Parser::EMBLParser
Bio::FlatFileIndex::Indexer::Parser::FastaFormatParser
Bio::FlatFileIndex::Indexer::Parser::GenBankParser
Bio::FlatFileIndex::Indexer::Parser::GenPeptParser
Bio::FlatFileIndex::Indexer::Parser::MaXMLClusterParser
Bio::FlatFileIndex::Indexer::Parser::MaXMLSequenceParser
Bio::FlatFileIndex::Indexer::Parser::PDBChemicalComponentParser
Bio::FlatFileIndex::Indexer::Parser::SPTRParser
Bio::FlatFileIndex::Indexer::Parser::TemplateParser
Bio::FlatFileIndex::NameSpaces
Bio::FlatFileIndex::Results
Bio::FlatFileIndex::Template
Bio::FlatFileIndex::Template::NameSpace
Bio::GCG
Bio::GCG::Msf
Bio::GCG::Seq
Bio::GFF
Bio::GFF::GFF2
Bio::GFF::GFF2::Escape
Bio::GFF::GFF2::MetaData
Bio::GFF::GFF2::Record
Bio::GFF::GFF2::Record::Value
Bio::GFF::GFF3
Bio::GFF::GFF3::Escape
Bio::GFF::GFF3::Record
Bio::GFF::GFF3::Record::Gap
Bio::GFF::GFF3::Record::Gap::Code
Bio::GFF::GFF3::Record::Target
Bio::GFF::GFF3::RecordBoundary
Bio::GFF::GFF3::SequenceRegion
Bio::GFF::Record
Bio::GO
Bio::GO::External2go
Bio::GO::GeneAssociation
Bio::GO::Ontology
Bio::GenBank
Bio::GenBank::Locus
Bio::GenPept
Bio::GenPept::Locus
Bio::Genscan
Bio::Genscan::Report
Bio::Genscan::Report::Exon
Bio::Genscan::Report::Gene
Bio::HGC
Bio::HGC::HiGet
Bio::HMMER
Bio::HMMER::Report
Bio::HMMER::Report::Hit
Bio::HMMER::Report::Hsp
Bio::Hinv
Bio::Hinv::Acc2hit
Bio::Hinv::Common
Bio::Hinv::Hit2acc
Bio::Hinv::HitCnt
Bio::Hinv::HitDefinition
Bio::Hinv::HitPubmedId
Bio::Hinv::HitXML
Bio::Hinv::Hix2hit
Bio::Hinv::HixCnt
Bio::Hinv::HixRepresent
Bio::Hinv::HixXML
Bio::Hinv::IdSearch
Bio::Hinv::KeywordSearch
Bio::Iprscan
Bio::Iprscan::Report
Bio::Iprscan::Report::Match
Bio::KEGG
Bio::KEGG::API
Bio::KEGG::BRITE
Bio::KEGG::COMPOUND
Bio::KEGG::DRUG
Bio::KEGG::ENZYME
Bio::KEGG::EXPRESSION
Bio::KEGG::GENES
Bio::KEGG::GENOME
Bio::KEGG::GLYCAN
Bio::KEGG::KGML
Bio::KEGG::KGML::Entry
Bio::KEGG::KGML::Reaction
Bio::KEGG::KGML::Relation
Bio::KEGG::Keggtab
Bio::KEGG::Keggtab::DB
Bio::KEGG::ORTHOLOGY
Bio::KEGG::REACTION
Bio::KEGG::Taxonomy
Bio::KEGGDB
Bio::LITDB
Bio::Lasergene
Bio::Location
Bio::Locations
Bio::MAFFT
Bio::MAFFT::Report
Bio::MEDLINE
Bio::Map
Bio::Map::ActsLikeMap
Bio::Map::ActsLikeMarker
Bio::Map::Mapping
Bio::Map::Marker
Bio::Map::SimpleMap
Bio::Muscle
Bio::NBRF
Bio::NCBI
Bio::NCBI::REST
Bio::NCBI::REST::EFetch
Bio::NCBI::REST::EFetch::Methods
Bio::NCBI::REST::ESearch
Bio::NCBI::REST::ESearch::Methods
Bio::NCBI::SOAP
Bio::NCBI::SOAP::EFetch
Bio::NCBI::SOAP::EFetchLite
Bio::NCBI::SOAP::EUtils
Bio::NCBI::SOAP::EUtilsLite
Bio::NCBIDB
Bio::NCBIDB::Common
Bio::Newick
Bio::Newick::ParseError
Bio::Nexus
Bio::Nexus::CharactersBlock
Bio::Nexus::DataBlock
Bio::Nexus::DistancesBlock
Bio::Nexus::GenericBlock
Bio::Nexus::NexusMatrix
Bio::Nexus::NexusMatrix::NexusMatrixError
Bio::Nexus::NexusParseError
Bio::Nexus::TaxaBlock
Bio::Nexus::TreesBlock
Bio::Nexus::Util
Bio::NucleicAcid
Bio::NucleicAcid::Data
Bio::PAML
Bio::PAML::Baseml
Bio::PAML::Baseml::Report
Bio::PAML::Codeml
Bio::PAML::Codeml::Rates
Bio::PAML::Codeml::Report
Bio::PAML::Common
Bio::PAML::Common::Report
Bio::PAML::Yn00
Bio::PAML::Yn00::Report
Bio::PDB
Bio::PDB::AtomFinder
Bio::PDB::Chain
Bio::PDB::ChainFinder
Bio::PDB::ChemicalComponent
Bio::PDB::ChemicalComponent::Record
Bio::PDB::Coordinate
Bio::PDB::DataType
Bio::PDB::DataType::ConstLikeMethod
Bio::PDB::DataType::Pdb_Integer
Bio::PDB::DataType::Pdb_LString
Bio::PDB::DataType::Pdb_List
Bio::PDB::DataType::Pdb_Real
Bio::PDB::DataType::Pdb_SList
Bio::PDB::DataType::Pdb_Specification_list
Bio::PDB::DataType::Pdb_String
Bio::PDB::DataType::Pdb_StringRJ
Bio::PDB::HetatmFinder
Bio::PDB::Heterogen
Bio::PDB::HeterogenFinder
Bio::PDB::Model
Bio::PDB::ModelFinder
Bio::PDB::Record
Bio::PDB::Record::ANISOU
Bio::PDB::Record::ATOM
Bio::PDB::Record::HETATM
Bio::PDB::Record::Jrnl
Bio::PDB::Record::Remark1
Bio::PDB::Record::Remark2
Bio::PDB::Residue
Bio::PDB::ResidueFinder
Bio::PDB::Utils
Bio::PROSITE
Bio::PSORT
Bio::PSORT::CGIDriver
Bio::PSORT::IPSORT
Bio::PSORT::PSORT1
Bio::PSORT::PSORT1::Remote
Bio::PSORT::PSORT1::Report
Bio::PSORT::PSORT2
Bio::PSORT::PSORT2::Remote
Bio::PSORT::PSORT2::Report
Bio::PSORT::PSORTB
Bio::PSORT::WoLF_PSORT
Bio::PTS1
Bio::PTS1::Report
Bio::Pathway
Bio::Phylip
Bio::Phylip::DistanceMatrix
Bio::Phylip::PhylipFormat
Bio::Probcons
Bio::PubMed
Bio::REBASE
Bio::RefSeq
Bio::Reference
Bio::References
Bio::Registry
Bio::Registry::DB
Bio::RestrictionEnzyme
Bio::RestrictionEnzyme::Analysis
Bio::RestrictionEnzyme::CutSymbol
Bio::RestrictionEnzyme::CutSymbol::CutSymbol__
Bio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded
Bio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded::AlignedStrands
Bio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded::CutLocationPair
Bio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded::CutLocationPairInEnzymeNotation
Bio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded::CutLocations
Bio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded::CutLocationsInEnzymeNotation
Bio::RestrictionEnzyme::DoubleStranded::EnzymeAction
Bio::RestrictionEnzyme::Fragments
Bio::RestrictionEnzyme::Range
Bio::RestrictionEnzyme::Range::CutRange
Bio::RestrictionEnzyme::Range::CutRanges
Bio::RestrictionEnzyme::Range::HorizontalCutRange
Bio::RestrictionEnzyme::Range::SequenceRange
Bio::RestrictionEnzyme::Range::SequenceRange::CalculatedCuts
Bio::RestrictionEnzyme::Range::SequenceRange::Fragment
Bio::RestrictionEnzyme::Range::SequenceRange::Fragments
Bio::RestrictionEnzyme::Range::VerticalCutRange
Bio::RestrictionEnzyme::SingleStrand
Bio::RestrictionEnzyme::SingleStrand::CutLocationsInEnzymeNotation
Bio::RestrictionEnzyme::SingleStrandComplement
Bio::RestrictionEnzyme::StringFormatting
Bio::SOAPWSDL
Bio::SOFT
Bio::SOSUI
Bio::SOSUI::Report
Bio::SOSUI::Report::TMH
Bio::SPTR
Bio::SQL
Bio::SQL::Biodatabase
Bio::SQL::Bioentry
Bio::SQL::BioentryDbxref
Bio::SQL::BioentryPath
Bio::SQL::BioentryQualifierValue
Bio::SQL::BioentryReference
Bio::SQL::BioentryRelationship
Bio::SQL::Biosequence
Bio::SQL::Comment
Bio::SQL::Dbxref
Bio::SQL::DbxrefQualifierValue
Bio::SQL::DummyBase
Bio::SQL::Location
Bio::SQL::LocationQualifierValue
Bio::SQL::Ontology
Bio::SQL::Reference
Bio::SQL::Seqfeature
Bio::SQL::SeqfeatureDbxref
Bio::SQL::SeqfeaturePath
Bio::SQL::SeqfeatureQualifierValue
Bio::SQL::SeqfeatureRelationship
Bio::SQL::Sequence
Bio::SQL::Taxon
Bio::SQL::TaxonName
Bio::SQL::Term
Bio::SQL::TermDbxref
Bio::SQL::TermPath
Bio::SQL::TermRelationship
Bio::SQL::TermRelationshipTerm
Bio::SQL::TermSynonym
Bio::Sequence
Bio::Sequence
Bio::Sequence::AA
Bio::Sequence::Adapter
Bio::Sequence::Adapter::BioSQL
Bio::Sequence::Adapter::EMBL
Bio::Sequence::Adapter::FastaFormat
Bio::Sequence::Adapter::GenBank
Bio::Sequence::Common
Bio::Sequence::DBLink
Bio::Sequence::Format
Bio::Sequence::Format
Bio::Sequence::Format::AminoFormatter
Bio::Sequence::Format::Formatter
Bio::Sequence::Format::Formatter
Bio::Sequence::Format::Formatter::Fasta
Bio::Sequence::Format::Formatter::Fasta_ncbi
Bio::Sequence::Format::Formatter::Raw
Bio::Sequence::Format::FormatterBase
Bio::Sequence::Format::INSDFeatureHelper
Bio::Sequence::Format::NucFormatter
Bio::Sequence::Format::NucFormatter
Bio::Sequence::Format::NucFormatter::Embl
Bio::Sequence::Format::NucFormatter::Genbank
Bio::Sequence::NA
Bio::Sequence::NA
Bio::Sequence::NA::MidiTrack
Bio::Shell
Bio::Shell::ColoredCodonTable
Bio::Shell::Core
Bio::Shell::Demo
Bio::Shell::Ghost
Bio::Shell::Irb
Bio::Shell::Private
Bio::Shell::Script
Bio::Shell::Setup
Bio::Shell::Web
Bio::Shell::Web::Results
Bio::SiRNA
Bio::SiRNA::Pair
Bio::SiRNA::ShRNA
Bio::Sim4
Bio::Sim4::Report
Bio::Sim4::Report::Hit
Bio::Sim4::Report::Segment
Bio::Sim4::Report::SegmentPair
Bio::Sim4::Report::SeqDesc
Bio::Spidey
Bio::Spidey::Report
Bio::Spidey::Report::Hit
Bio::Spidey::Report::Segment
Bio::Spidey::Report::SegmentPair
Bio::Spidey::Report::SeqDesc
Bio::SwissProt
Bio::TMHMM
Bio::TMHMM::Report
Bio::TMHMM::TMH
Bio::TRANSFAC
Bio::TRANSFAC::CELL
Bio::TRANSFAC::CLASS
Bio::TRANSFAC::FACTOR
Bio::TRANSFAC::GENE
Bio::TRANSFAC::MATRIX
Bio::TRANSFAC::SITE
Bio::TargetP
Bio::TargetP::Report
Bio::Tcoffee
Bio::TogoWS
Bio::TogoWS::AccessWait
Bio::TogoWS::REST
Bio::TrEMBL
Bio::Tree
Bio::Tree::Edge
Bio::Tree::NoPathError
Bio::Tree::Node
Bio::UniProt
BiorubyController
BiorubyGenerator
BiorubyHelper
Hash
Object
String